L’IPBS est partenaire d’un nouveau Réseau Doctoral Européen Marie-Curie dédié à la protéomique basée sur l’intelligence artificielle
L’équipe « Protéomique et Spectrométrie de Masse des Biomolécules », dirigée par le Dr. Odile Schiltz, Directrice de Recherche CNRS à l’IPBS, rejoint le réseau doctoral Marie-Curie ProtAIomics pour une durée de 4 ans (2026-2029). Financé par la Commission européenne dans le cadre d’Horizon Europe, ce réseau rassemble 15 partenaires et 9 partenaires associés académiques, hospitaliers et industriels. Il a pour ambition de former la prochaine génération de chercheurs en protéomique computationnelle, grâce à l’intégration de méthodes avancées d’intelligence artificielle (IA).
Une recherche à l’interface de la protéomique et de l’IA
La protéomique computationnelle est à la pointe de la recherche en biologie, combinant analyse de données avancée et IA pour décoder le rôle complexe des protéines dans les systèmes biologiques. Les protéines sont essentielles pour comprendre les fonctions cellulaires, les mécanismes des maladies, les actions médicamenteuses et les réponses thérapeutiques. Leur complexité représente toutefois un défi majeur.
Grâce à une approche interdisciplinaire, le réseau ProtAIomics vise à optimiser l’exploitation des données protéomiques, approfondir la compréhension des fonctions protéiques et développer des outils basés sur l’IA pour des applications cliniques.
Le réseau se concentre sur trois objectifs principaux :
1. Développer des algorithmes assistés par l’IA afin de maximiser l’extraction d’informations de haute qualité à partir des données brutes de spectrométrie de masse (MS).
2. Créer des outils d’IA avancés pour transformer ces données en connaissances biologiques approfondies via des modèles pilotés par l’IA.
3. Appliquer ces connaissances pour générer des informations exploitables telles que des médicaments de précision et biomarqueurs cliniques, avec un accent sur des applications thérapeutiques.
La formation au cœur du réseau
La formation constitue un volet central du réseau ProtAIomics. 16 doctorants issus de 10 pays européens suivront un programme complet, combinant cours en ligne et en présentiel, mobilités entre partenaires et secteurs variés, ainsi que la participation à des workshops et conférences.
À l’IPBS, un doctorant sera recruté sous la supervision de David Bouyssié, Ingénieur de Recherche CNRS, en co-supervision avec Petr Novák de l’Académie des Sciences de République tchèque.
Le projet vise à développer de nouvelles stratégies de spectrométrie de masse intelligentes, alliant contrôle en temps réel des instruments et prise de décision assistée par l’IA.
L’équipe d’Odile Schiltz à l’IPBS : une référence en spectrométrie de masse
L’équipe dirigée par Odile Schiltz apporte une expertise reconnue en protéomique, en spectrométrie de masse structurale et dans le développement d’outils bioinformatiques innovants.
Elle est un partenaire clé de l’infrastructure nationale de protéomique (ProFI) et elle héberge la plateforme ProteoToul, équipée d’instruments de spectrométrie de masse de pointe et de ressources computationnelles avancées.
ProtAIomics est le deuxième programme doctoral Marie-Curie auquel participe l’équipe d’Odile Schiltz, après le réseau PROTrEIN, qui visait à former des bioinformaticiens hautement spécialisés en protéomique.