Service d’Ingénierie Génétique bactérienne
Responsable Technique
Le Service d’Ingénierie Génétique bactérienne, labellisé en 2025 par le GIS IBiSA, est basé sur deux sites toulousains (LMGM-CBI et IPBS). Nous sommes chargés de deux missions :
1/ De manière à répondre spécifiquement aux problématiques des équipes de recherche, la plateforme SIG.b conçoit et met en œuvre des approches de génétique moléculaire bactérienne (outils d’ingénierie génétique conventionnels et outils dérivés des systèmes CRISPR) adaptées aux diverses souches bactériennes, qu’il s’agisse de souches modèles ou non, de souches pathogènes ou de souches cliniques.
Nous travaillons en projets collaboratifs avec des équipes de laboratoires publics ou privés, français ou étrangers.
Selon la souche étudiée, nous effectuons une analyse bibliographique approfondie, permettant de proposer une ou plusieurs stratégies d’édition ou de criblage du génome.
S’il s’agit d’une souche encore peu caractérisée, nous mettons au point les conditions de culture, de suivi de croissance et de dénombrement, développons les outils appropriés et définissons les protocoles nécessaires à l’introduction de ces outils dans les bactéries.
Nous offrons une possibilité de formation des membres de l’équipe collaborative, à distance ou accueillis sur site pour quelques semaines/mois.
2/ En partenariat avec CNRS Formation Entreprises, SIG.b propose des formations (en français) :
✓ CRISPRi : une application innovante de CRISPR pour la modulation de l’expression génique chez les bactéries
✓ Ingénierie du génome associée à CRISPR pour générer des mutations sans cicatrice chez les bactéries
Equipe
Responsable Scientifique
Catherine Turlan (IR CNRS, LMGM-CBI)
Responsables Techniques
Site LMGM-CBI
Nathalie Eynard (MCF-UT3)
Anne-Marie Cirinesi (Technicienne CNRS)
Site IPBS
Wladimir Malaga (IE CNRS)
EQUIPEMENTS DE LA PLATEFORME
✓Savoir-faire :
Modification du génome bactérien et/ou à modulation de l’expression génique.
- Edition de génomes : Mutation ponctuelle, délétion, insertion (tag), par échange allélique et/ou CRISPR
- Criblage génétique : Isolement de mutants par sélection ou repérage phénotypique (Suppresseur, létalité synthétique…)
- Régulation génique : CRISPR interférence, activation transcriptionnelle, surexpression
- Bio-informatique : Identification de mutations, assemblage de génome post séquençage NGS
✓ Laboratoires de sécurité microbienne:
niveaux 1 – 2 – 3
✓ Collections de souches Escherichia coli:
Inactivation de gènes (KEIO); Surexpression (ASKA); Gènes étiquetés (SPA tag)
✓ Bacteries:
Escherichia coli; Salmonella Typhimurium; Mycoplasma; Mycobacteria
Staphylococcus aureus; Streptococcus pneumoniae; Group B Streptococcus
Lactobacillus; etc.
✓ Outils :
- Plasmides et phages pour la recombinaison simple brin ou double brin d’ADN surexpression de gènes
- Outils CRISPR pour clivage simple brin ou double brin d’ADN (contre-sélection des clones « sauvages »), adressage spécifique de fonctions accessoires, édition de bases, etc
Librairies de gRNA pour CRISPRi, Tn seq (Mariner)