Service d’Ingénierie Génétique (SIG)
Responsable Technique
Le Service d’Ingénierie Génétique est un pôle d’ingénierie des génomes bactériens unique en France.
Nos activités sont de deux types :
- Recherche et Développement au travers de preuves de concept et de la mise en œuvre de projets collaboratifs avec des équipes de recherche académique et des sociétés privées.
- Formation : Transfert d’expertises par le biais de formations universitaires, professionnelles ou de séminaires.
Nos activités sont ouvertes à l’ensemble de la communauté scientifique, publique ou privée, française ou étrangère.
SIG est basé sur deux sites toulousains :
- Le Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaires (LMGM), l’une des trois Unités composant le Centre de Biologie Intégrative (CBI).
- L’Institut de Pharmacologie et Biologie Structurale (IPBS).
Pour toute demande d’informations, n’hésitez pas à nous contacter par mail : Catherine.Turlan@univ-tlse3.fr
RECHERCHE ET DÉVELOPPEMENT
En réponse aux défis méthodologiques en ingénierie des génomes, SIG développe des approches visant à modifier les génomes bactériens et/ou à moduler leur expression génique :
✓ Genome editing : mutation ponctuelle, délétion, insertion (tag), échange allélique
✓ Régulation génique : répression, surexpression
✓ Criblage génomique : suppression, activation, létalité synthétique
✓ Applications CRISPR : inhibition stérique, inhibition ou activation transcriptionnelle, localisation, mutagénèse, etc.
✓ Bio-informatique : identification de mutations, assemblage de génome post séquençage NGS
Afin d’élaborer des approches « à façon », nous travaillons sous la forme de projets collaboratifs avec les équipes de recherche. Nous offrons une possibilité de formation des membres de l’équipe collaborative, en distanciel ou sur site pour quelques semaines/mois.
FORMATION PROFESSIONNELLE
En partenariat avec CNRS Formation Entreprises (CFE), SIG propose de partager ses expertises au travers de formations professionnelles (stages d’une semaine avec une partie théorique et une partie appliquée incluant des expérimentations en laboratoire).
Ces formations s’adressent aux chercheurs académiques et aux entreprises.
Deux formations sont disponibles au catalogue de CFE :
✓ CRISPRi : une application innovante de CRISPR pour la modulation de l’expression génique chez les bactéries
✓ Ingénierie du génome associée à CRISPR pour générer des mutations sans cicatrice chez les bactéries
Des formations sur-mesure peuvent également être proposées et dispensées en fonction des besoins.
Team
Responsable Scientifique
Catherine Turlan (IR CNRS, LMGM-CBI)
Responsables Techniques
Site LMGM-CBI
Nathalie Eynard (MCF-UT3)
Anne-Marie Cirinesi (Technicienne CNRS)
Site IPBS
Wladimir Malaga (IE CNRS)
EQUIPEMENTS ET MATERIEL BIOLOGIQUE
✓ Large panel de souches bactériennes disponibles : Escherichia coli, Salmonella Typhimurium, Staphylococcus aureus, Mycoplasma gallisepticum, Mycobacterium tuberculosis, Streptococcus pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae, Streptococcus agalactiae, Lactobacillus plantarum, etc.
✓ Collections de souches spécifiques d’Escherichia coli :
KEIO : Inactivation de gènes
ASKA : Surexpression de gènes
SPA tag : Gènes étiquetés
✓ Laboratoires de sécurité biologique de niveaux 1, 2 et 3 pour manipuler des souches bactériennes en toute sécurité
Ces équipements nous permettent de travailler sur un large éventail d’organismes.
✓ Outils :
Plasmides et phages pour la recombinaison d’ADN
Outils CRISPR pour clivage simple brin ou double brin d’ADN (contre-sélection des clones non modifiés, adressage spécifique de fonctions accessoires, édition de bases, etc.)
Criblage génomique : banque plasmidique de surexpression, librairie d’ARN guides pour CRISPRi, Tn seq (Mariner)