SIG.b/LMGM/Institut Pasteur (Paris)

Description :

En 2019, SIG.b a entamé une collaboration avec l’équipe IEVA (LMGM) visant à identifier les interacteurs putatifs du complexe BAM. Le Beta-barrel Assembly Machinery (BAM) est un complexe essentiel qui favorise la biogenèse des protéines de la membrane externe des bactéries à Gram négatif. Une approche quantitative de spectrométrie de masse a identifié des interacteurs putatifs de BAM.

Objectifs du service :

Afin de mieux comprendre la fonction des facteurs d’interaction BAM encore non caractérisés, un criblage CRISPRi a été mis en place pour définir les gènes conférant un défaut de croissance à la bactérie. Ces expériences ont été menées par SIG.b au sein du Laboratoire de biologie de synthèse (Institut Pasteur) qui possède l’expertise en CRISPRi haut débit.

Nous avons validé notre approche à l’échelle du génome en ciblant sélectivement via CRISPRi quelques-uns des gènes trouvés par spectrométrie de masse et en démontrant que l’arrêt de leur expression conduit à une inhibition de croissance.

Nos expériences ont permis de mettre en évidence plusieurs gènes dont des analyses génétiques et biochimiques plus poussées ont montré qu’ils se situent à la croisée de la biogenèse de la membrane externe et de sa dégradation. De tels travaux ont non seulement permis d’élucider le lien entre la voie BAM-dépendante et les processus majeurs de remodelage de l’enveloppe chez E. coli mais également l’acquisition au LMGM d’une méthode de criblage basée sur CRISPRi, aujourd’hui si centrale en microbiologie moléculaire.

Financement :

Les coûts (consommables et frais de mission) ont été pris en charge par l’équipe collaboratrice.

Publication associée :

Elife 2021; doi: 10.7554/eLife.67817. Ranava D, Yang Y, Orenday-Tapia L, Rousset F, Turlan C, Morales V, Cui L, Moulin C, Froment C, Munoz G, Rech J, Marcoux J, Caumont-Sarcos A, Albenne C, Bikard D, Ieva R. Lipoprotein DolP supports proper folding of BamA in the bacterial outer membrane promoting fitness upon envelope stress.