SIG/LMGM/Institut Pasteur (Paris)

Description :

En 2019, SIG a entamé une collaboration avec l’équipe Ieva (LMGM) visant à identifier les interactants putatifs du complexe BAM (Beta-barrel Assembly Machinery). BAM est un complexe essentiel impliqué dans la biogenèse des protéines de la membrane externe des bactéries à Gram négatif.

Objectifs :

Afin de mieux comprendre la fonction des facteurs interagissant avec BAM, nous avons réalisé un criblage de type CRISPR interférence (CRISPRi) à l’échelle du génome d’Escherichia coli. Ces expériences ont été menées par SIG en lien avec le Laboratoire de biologie de synthèse (Institut Pasteur, Paris).

Nous avons validé les interactants fonctionnels ainsi mis en évidence par leur ciblage individuel, toujours par CRISPRi, démontrant que la diminution de leur expression conduit à une inhibition de croissance.

Notre crible haut débit a mis en évidence plusieurs gènes dont les analyses génétique et biochimique ont confirmé leur implication dans la préservation de l’intégrité de l’enveloppe en cas de stress. De tels travaux ont non seulement permis d’élucider le lien entre la voie BAM-dépendante et les processus majeurs de remodelage de l’enveloppe chez E. coli mais également d’introduire au LMGM une méthode de criblage basée sur CRISPRi, aujourd’hui centrale en microbiologie moléculaire.

Publication associée :

Ranava D, Yang Y, Orenday-Tapia L, Rousset F, Turlan C, Morales V, Cui L, Moulin C, Froment C, Munoz G, Rech J, Marcoux J, Caumont-Sarcos A, Albenne C, Bikard D, Ieva R. Lipoprotein DolP supports proper folding of BamA in the bacterial outer membrane promoting fitness upon envelope stress. Elife 2021; doi: 10.7554/eLife.67817.