SIG.b/LMGM

Internal development (2021):

Le LMGM a acheté la collection ASKA d’Escherichia coli (clones individuels en format microplaque). Chacune des 4123 ORF prédites d’E. coli W3110 a été amplifié par PCR, inséré dans un plasmide sous le contrôle d’un promoteur inductible par l’IPTG et établi dans la souche AG1 d’E. coli par transformation.

Afin de réaliser des expériences de sélection de suppresseurs multicopies, le service SIG.b a réalisé une librairie de plasmides représentative de cette banque. La librairie a été validée de 2 manières:

– Test de complémentation sur 5 mutants de délétion auxotrophes : transformation avec les sous bibliothèques ASKA et séquençage du contenu plasmidique des colonies résultantes.

– Séquençage direct complet de la librairie plasmidique (Nanopore, prestation externalisée).

Collaborative project (2023, unpublished):

Description :

En 2023, nous avons démarré une collaboration avec C. Albenne (Eq Ieva-LMGM-CBI) visant à comprendre la fonction de la protéine X, une protéine de la membrane externe. La délétion du gène codant pour la protéine X entraîne une sensibilité à la vancomycine.

Objectifs du service :

Notre objectif était d’identifier les suppresseurs phénotypiques dans la librairie plasmidique ASKA par surexpression des plasmides AKSA chez le mutant de délétion du gène X et détection de la résistance à la vancomycine.

Sur 910 plasmides analysés par test individuel, PCR, électrophorèse sur gel et séquençage, une liste de 77 candidats a été fournie à l’équipe collaborative.

Financement :

Les coûts (consommables et frais de séquençage) ont été pris en charge par l’équipe collaboratrice.