Des chercheurs et chercheuses de l’IPBS coordonnent ou sont partenaires de 9 projets financés par l’Agence Nationale de la Recherche

Les changements profonds que le réchauffement climatique provoque dans l’environnement incluent l’émergence d’agents pathogènes, et diverses menaces environnementales, comme les toxines marines, ce qui nécessite de déterminer comment nos organismes peuvent s’adapter à ces changements. Plus précisément, l’espèce d’algues Vulcanodinium rugosum, auparavant limitée aux eaux tropicales ou subtropicales, colonise désormais les zones tempérées de l’Atlantique et de la Méditerranée, où elle produit un métabolite toxique, la Portimine. Cette toxine provoque une inflammation et une nécrose de la peau, des yeux et des poumons, pouvant entraîner des conséquences graves chez les personnes exposées, avec plus de 2000 cas détectés depuis 2021. Dans ce contexte, le projet COMETH (Importance des inflammasomes dans les pathologies induites par les toxines émergentes) coordonné par Céline Cougoule, va déterminer comment la production de Portimine affecte la santé humaine, et les mécanismes moléculaires impliqués. Nos résultats préliminaires utilisant des kératinocytes primaires et des cellules épithéliales des voies respiratoires suggèrent l’implication d’un complexe inflammatoire spécifique, l’inflammasome NLRP1, dans la pathologie causée par la Portimine.

L’objectif de FOXKONTROL (Régulation de Foxk1 dans le contrôle de l’activation des cellules T), dans lequel Anne Gonzalez de Peredo est partenaire, est d’étudier le facteur de transcription FOXK1, dont nous avons découvert le rôle dans le contrôle du métabolisme des lymphocytes T. Les fonctions des cellules T sont intimement liées à des changements de programme métabolique, et il est important d’identifier les composants moléculaires qui régulent ces processus. En combinant des modèles murins originaux et des approches globales « omiques », nous évaluerons les réponses effectrices/mémoires des cellules T dans divers contextes et analyserons comment FOXK1 contrôle l’expression des gènes et des protéines pendant l’activation des cellules T. Notre objectif est de mieux caractériser cet acteur clé du métabolisme, ouvrant ainsi des pistes pour de nouvelles thérapies impliquant les lymphocytes T.

Les 56-epoxycholestanols sont à l’origine des dendrogenines A, B et C par conjugaison à l’histamine, la spermidine ou le glutathion, respectivement. La dendrogenine A a été identifiée comme un modulateur du récepteur nucléaire LXR, régulant la différenciation cellulaire et l’immunité. Ce projet DASYNT3 (Exploration approfondie de la voie métabolique de l’époxycholestanol), dans lequel Laurent Maveyraud est partenaire, vise à mieux comprendre les mécanismes réactionnels des glutathion S transférases responsables de la biosynthèse des dendrogenines et à définir les effets de ces composés sur la structure et la fonction du LXR.

L’objectif du projet DynamOC (Dynamique des ostéoclastes lors de la croissance et du vieillissement) dans lequel Christel Vérollet et Frédéric Lagarrigue sont partenaires) est de décrypter la diversité phénotypique et fonctionnelle des ostéoclastes, les cellules qui dégradent l’os, au cours de la croissance et du vieillissement, et d’établir un profil des ostéoclastes tout au long de la vie. Cela permettra de comprendre comment les différentes populations d’ostéoclastes évoluent dans l’environnement de la moelle osseuse, et d’appréhender ainsi les mécanismes contribuant au développement de pathologies osseuses telles que l’ostéoporose.

Le projet SpaCELLM (Spectrométrie de masse et imagerie multiplexée pour l’étude spatial du métabolisme cellulaire) coordonné par Landry Blanc, a pour objectif de développer un pipeline d’imagerie multimodale pour décrypter spatialement le métabolisme cellulaire au sein de microenvironnements complexes. Il repose sur la combinaison de techniques innovantes, l’imagerie par spectrométrie de masse (MSI) et l’immunohistologie multiplexée, qui permettra sur une même coupe de tissu de cartographier les cellules et leur profil métabolique. Le projet sera challengé par une question biologique majeure : le captage par les cellules tumorales du front invasif de lipides issu des adipocytes, un processus qui favorise la progression tumorale et que l’équipe a été l’une des première à mettre en évidence in vitro. SpaCELLM permettra de caractériser ce phénomène in situ, en utilisant des biopsies de tumeurs mammaires de patientes.

Les G-quadruplexes (G4s) sont des structures secondaires de l’ADN qui peuvent être stabilisées par des petites molécules appelées ligands de G4. Bien qu’ayant des capacités similaires à stabiliser les G4s in vitro, ces ligands peuvent avoir des effets biologiques très différents. Le projet TOP2-G4 (Comprendre et moduler les propriétés cellulaires des ligands de G-quadruplexes) coordonné par Sébastien Britton, a pour objectif de comprendre au niveau structural et moléculaire comment certains ligands empoisonnent l’ADN topoisomérase 2 alpha humaine, alors que d’autres non, et de montrer que cette capacité peut être contrôlée, déverrouillant ainsi leurs applications thérapeutiques.

L’augmentation de la résistance aux antibiotiques parmi les pathogènes bactériens est une préoccupation majeure pour la santé humaine. Dans ce contexte, les systèmes toxines-antitoxines codés par les bactéries sont apparus comme des candidats prometteurs pour le développement de stratégies antimicrobiennes alternatives. Le projet Patho-TOX (Comprendre la fonction et le mécanisme d’activation des systèmes toxine-antitoxine de Rosmer dans les pathogènes bactériens) dans lequel Lionel Mourey est partenaire, se concentrera sur la famille de toxines-antitoxines de Rosmer (RmrTA), récemment identifiée, dont certains éléments se sont révélés capables de défendre les bactéries contre les phages. Ce projet, auquel participe l’équipe du Dr Lionel Mourey à l’IPBS, vise à décrypter la fonction cellulaire et le mécanisme d’activation des systèmes RmrTA de trois pathogènes humains majeurs : Escherichia coli, Streptococcus pneumoniae et Staphylococcus aureus. À long terme, cette compréhension pourrait être utilisée pour développer de nouvelles stratégies antimicrobiennes.

Les structures lymphoïdes tertiaires (TLS) sont des agrégats lymphoïdes organisés qui partagent des caractéristiques avec les ganglions lymphatiques. Les TLS ont la capacité de générer une réponse immunitaire in situ dans les tissus chroniquement enflammés et dans les tumeurs. L’objectif principal du projet ATILA (Ciblage des structures lymphoïdes tertiaires dans les maladies inflammatoires chroniques) dans lequel Jean-Philippe Girard est partenaire, est de développer des technologies innovantes pour la détection des TLS dans l’inflammation chronique et le cancer.

Les cellules B ont la remarquable capacité de modifier leurs loci des immunoglobulines, et peuvent diversifier leur répertoire d’anticorps grâce à la commutation isotypique. Celle-ci cible exclusivement les gènes constants du locus des chaînes lourdes des immunoglobulines, remplaçant l’IgM initiale par IgG, IgE ou IgA, dotées de nouvelles fonctions effectrices. La transcription non-codante et la commutation isotypique dépendent des signaux d’activation et sont contrôlées par des interactions entre éléments régulateurs (incluant enhancers et insulateurs) distants sur le chromosome. Les mécanismes par lesquels les différents signaux d’activation en interaction avec les éléments régulateurs modulent la transcription et la dynamique chromatinienne des gènes constants au cours du développement B sont mal connus. L’objectif du projet Dev-CSR, coordonné par Ahmed Amine Khamlichi, a pour objectif d’élucider les mécanismes transcriptionnels et épigénétiques sous-jacents à cette interaction, et dont la dérégulation peut mener à différents cancers B, aussi bien chez les humains que chez les souris.  

Des chercheurs et chercheuses de l’IPBS coordonnent ou sont partenaires de 9 projets financés par l’Agence Nationale de la Recherche