Lancement d’un nouveau réseau européen pour étudier l’apport de l’intelligence artificielle à l’analyse protéomique (PROTrEIN)

L’équipe de Protéomique et Spectrométrie de Masse des Biomolécules à l’IPBS dirigée par Odile Schiltz, qui abrite l’Infrastructure Protéomique de Toulouse et fait partie de l’Infrastructure nationale de protéomique (ProFI), participera avec 8 partenaires académiques européens et 2 partenaires industriels, à un réseau de formation doctorale innovante (ETN pour “Educational Training Network” des actions Marie Skłodowska-Curie). Ce réseau PROTrEIN, financé par l’Union Européenne dans le cadre du programme Horizon 2020, a pour but de former une nouvelle génération de doctorants pour l’analyse bioinformatique en protéomique, en facilitant leur développement de carrière, le partage de connaissance et l’acquisition de nouvelles compétences. Les 10 partenaires répartis dans 7 pays européens (Allemagne, Autriche, Belgique, Danemark, Espagne, Finlande et France) accueilleront et formeront 15 doctorants. Ils travailleront de concert pour l’organisation d’ateliers et de conférences, mais aussi pour la réalisation d’un projet scientifique conjoint.

Le travail réalisé dans le cadre de ce réseau aura des retombées scientifiques importantes. Il représente en effet l’opportunité d’explorer les apports des outils modernes d’analyse de données par apprentissage automatique (“machine learning”), à l’interprétation des acquisitions réalisées par spectrométrie de masse sur des échantillons protéiques. Au cours de la dernière décennie, des bonds technologiques majeurs ont permis d’analyser des protéomes de façon quasi exhaustive. Plusieurs dizaines de milliers de protéines et de sites de modifications post-traductionnelles peuvent aujourd’hui être identifiés et quantifiés dans des systèmes cellulaires complexes, notamment dans des échantillons cliniques. Les instruments récents ont atteint des niveaux de sensibilité, de robustesse et de débit permettant à ces approches de fournir des informations essentielles pour la compréhension des mécanismes physiopathologiques. Mais ces avancées technologiques s’accompagnent d’une importante augmentation du volume et de la complexité des données générées, qui ont atteint un seuil critique rendant impossible une interprétation humaine des résultats. Les informaticiens doivent aujourd’hui redoubler d’ingéniosité pour créer des algorithmes capables d’exploiter la nouvelle nature des données spectrales. La démocratisation récente des méthodes d’apprentissage automatique par ordinateur, ouvre une nouvelle piste pour améliorer les solutions informatiques développées à ce jour, et ces approches constituent l’axe scientifique principal de ce nouveau réseau européen.

A l’IPBS, deux doctorants seront recrutés en 2021 pour travailler sur l’amélioration de l’outil Proline et du format de fichiers mzDB, développés dans l’équipe par David Bouyssié en collaboration étroite à l’échelle nationale avec les membres de ProFI. 

Contact :
Chercheurs : Odile Schiltz 

Presse : Francoise Viala | 06 01 26 52 59