L’IPBS portera l’un des cinq projets d’équipement financés par l’appel à projets « Technologies de rupture en cancérologie (TREK) »
Avec le projet SPATICaM (SPATIal omics of Cancer Microenvironment), l’IPBS renforce ses capacités en métabolomique et protéomique spatiales pour mieux comprendre le microenvironnement tumoral. Ce financement permettra l’acquisition d’une sonde AP/MALDI et d’un microscope de microdissection laser, ouvrant la voie à des approches inédites en multi-omique spatiale appliquées au cancer.
Inscrit dans le cadre de la Stratégie décennale de lutte contre les cancers 2021–2030, l’appel à projets Technologies de rupture en cancérologie (TREK) vise à soutenir l’acquisition d’équipements de haute technologie permettant soit d’accéder à des données d’un type nouveau, soit d’améliorer de manière significative l’efficacité d’acquisition de données conventionnelles.
Dans ce cadre, l’IPBS porte l’un des cinq projets d’équipement retenus, avec SPATICaM (SPATIal omics of Cancer Microenvironment), un projet porté par le Pr Catherine Muller-Staumont et le Dr Landry Blanc, et fondé sur l’excellence des approches protéomiques développées au sein de l’institut.
Une plateforme intégrée de multi-omique spatiale
Le projet SPATICaM a pour ambition d’établir à l’IPBS une plateforme intégrée de multi-omique spatiale combinant :
- l’imagerie par spectrométrie de masse (mass spectrometry imaging, MSI),
- la microdissection laser automatisée (LMD),
- et la protéomique à l’échelle de la cellule unique.
Ce dispositif sera déployé en collaboration étroite avec l’équipe protéomique, ProteoToul, déjà équipée de systèmes de pointe pour la protéomique single-cell. L’acquisition d’une source AP/MALDI et d’un microscope LMD7 viendra compléter ces infrastructures en leur apportant une dimension spatiale aujourd’hui essentielle pour l’étude des tissus tumoraux.
Cette nouvelle capacité positionnera l’IPBS comme un site de référence pour le profilage métabolique spatial à l’échelle de la cellule unique appliqué à la cancérologie.
Relier métabolisme spatial et programmes protéomiques cellulaires
L’apport majeur de SPATICaM réside dans l’intégration de technologies permettant de faire le lien entre organisation spatiale des tissus, états métaboliques locaux et programmes protéomiques cellulaires.
L’imagerie MSI permettra d’identifier, directement dans les tissus, les régions métaboliquement actives. La microdissection laser automatisée, guidée par la microscopie, permettra ensuite d’isoler de manière ciblée les cellules présentes dans ces zones d’intérêt. Ces cellules pourront enfin être analysées par des approches de protéomique en cellule unique.
Ce pipeline offrira ainsi un accès inédit au dialogue entre métabolisme tumoral et hétérogénéité cellulaire, avec une résolution et une précision spatiale jusqu’ici difficilement atteignables.
Un premier projet centré sur le cancer du sein et les métastases osseuses
Le projet SPATICaM sera d’abord consacré à l’étude des interactions métaboliques entre adipocytes et cellules tumorales dans le cancer du sein, à la fois au site primaire et dans les métastases osseuses.
Au-delà de cette première application, la mise en place de ce pipeline, inédit en France, permettra de développer de nouveaux projets sur le microenvironnement tumoral, qui constitue l’un des axes forts de recherche de l’IPBS.
Par cette réussite, l’IPBS confirme son engagement dans le développement de technologies de pointe au service d’une meilleure compréhension des cancers et de l’émergence de nouvelles approches en biologie tumorale.